多发性骨髓瘤

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近期微生物组研究软件方法小合集热心 [复制链接]

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今天是第期日报。

Nature子刊:PICRUSt2实现任意16S序列的宏基因组功能预测

NatureBiotechnology[IF:31.]

①PICRUSt2可直接对标记基因的OTU或ASV序列进行的功能预测,利用CastorR的隐藏状态预测算法增加了运算速度;②基于IMG的数据库包括41,个细菌和古菌基因组和2万个16SrRNA基因序列,比PICRUSt1扩大了20倍;③门、属和种水平的多样性分别增加了1.6、2.2和5.3倍,KEGG数据库的KOs增加了1.5倍;④利用MetaCyc数据库进行通路预测,可与宏基因组结果比较;⑤不足之处包括功能预测依赖于现有的参考基因组和不能提供菌株水平的功能预测结果。

PICRUSt2forpredictionofmetagenomefunctions06-01,doi:10./s---6

截止2年6月5日,功能预测软件PICRUSt1已被引用近4千次。这个成绩是相当惊艳,而且仅年就引用过千,且持续增长。近期《NatureBiotechnology》发表了更新的PICRUSt2版本,值得专业人士

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